数量遗传学相关概念
1、数量遗传学还研究各种不同遗传交配设计(如双列杂交、轮回选择、动物的各种交配系统等)以及在这些交配设计中数量性状的遗传动态。此外,基因型与环境的相互作用也是近年来数量遗传学的重要研究课题。
2、数量遗传学是采用生物统计学和数学分析方法研究数量性状遗传规律的遗传学分支学科。数量性状是遗传上受许多微效基因控制,性状变异连续,表型易受环境因素影响的性状。
3、数量遗传学的另一个重要内容是研究各种不同遗传交配设计(如双列杂交、轮回选择、动物的各种交配系统等)以及在这些交配设计中数量性状的遗传动态。此外,基因型与环境的相互作用也是近年来数量遗传学的重要研究课题。
4、分子数量遗传学诞生,并且与传统数量遗传学结合 主要内容:显性效应可能发分离,上位效应可能会重组。 加性效应可以稳定遗传。
基因定位的方法?
1、两点测验和三点测验是基因定位所采用的主要方法。两点测验:先用3次杂交,再用3次测交(隐性纯合亲本)来分别测定两对基因间是否连锁,然后再根据其交换值确定它们在同一染色体上的位置。
2、第二种相关分析方法是计算协方差。协方差用来衡量两个变量的总体误差,如果两个变量的变化趋势一致,协方差就是正值,说明两个变量正相关。如果两个变量的变化趋势相反,协方差就是负值,说明两个变量负相关。
3、不属于。PCR是聚合酶链式反应,扩增DNA/RNA,基因定位是将目的基因定位到染色体上,其中基因定位的方法是酶切诱变和寡核苷酸指导的诱变,PCR不在基因定位的方法里面,所以pcr不属于基因定位的方法。
4、主要指确定基因所在的染色体及其在染色体上的位置。基因定位的方法,因生物类型的特点不同而异,大致可分为染色体水平上和分子水平上的基因定位两类。
动植物重测序--BSA
1、针对目标性状,选择 表型极端差异的亲本 构建家系,对该家系 目标性状表型极端的子代 分别混合得到的两个样本池进行全基因组重测序,检测到的两池间DNA差异片段即为候选区域,可进一步定位到目标性状相关的基因或标记。
2、当然,GWAS可以应用于人的表型分析,这里暂时先说动植物的。GWAS已经发表的物种:玉米水稻拟南芥大豆毛果杨番茄果蝇白虎疟原虫等,物种很丰富。
3、)覆盖范围:全基因组BSA可以覆盖整个基因组, 98%的编码区可以覆盖到。而RNAseq只对编码区进行测序。2)基因检测的偏好性:全基因组BSA对基因的检测较均匀,无偏好性,不受时间或者组织的影响。
4、全基因组重测序(WGS) :全基因组重测序是对已知基因组序列的物种进行不同个体的基因组测序,并在此基础上对个体或群体进行差异性分析。
5、是指基因或 DNA 分子标记在染色体上的相对位置与遗传距离, 通常以基因或DNA 片段在染色体交换过程中的重组频率厘摩(cM)表示。
6、寻找到大量基因变异,并实现遗传进化分析及重要性状候选基因预测。而随着测序成本降低和已知基因组序列的物种增多,重测序已成为动植物育种研究中最为迅速有效的方法之一。1M reads指100万条reads。
什么是分群分析法(BSA)
1、BSA(分离体分组混合分析法或混合分组分析法,又称 集团分离分析法,Bulked Segregant Analysis)分析法首次由Michlmore等…提出并成功地在莴苣中筛选出与目的基因相连锁的标记。
2、用户分群,就是用来满足这类需求的工具方法,它能帮助我们对差异较大的群体分别进行深入分析,从而探究指标数字背后的原因,探索实现用户增长的途径。 如用户画像分群,核心价值在于精细化的定位人群特征,挖掘潜在的用户群体。
3、分群抽样是将调查母体区分为若干个群体,然后以单纯随机抽样方法选定若干群体作为调查样本;分层抽样是从一个可以分成不同子总体(或称为层)的总体中,按规定的比例从不同层中随机抽取样品(个体)的调查样本。
4、为此,Michelmore等(1991)发明了分离群体分组分析法(bulked segregant analysis,BSA)以筛选目标基因所在局部区域的分子标记。
5、分子数量遗传学研究的内容,就是借助分子标记,采用适当的统计分析方法明确QTL 在染色体上的位置及其效应。而QTL 定位的原理是:利用适当的分离群体,构建较高密度的、分布较均匀的、覆盖全基因组的分子标记连锁图。
混合(Pooling)样本测序研究
1、概念: 混合样本测序一般是选择表型极端或目标性状差异的个体混合,构建一个文库进行测序。原理: 假设每个样本被测到的概率相等,通过测序reads数计算等位基因频率。
2、测序图中可以看出是混合样本。测序图,用于测定混合样本,通过每个样本添加的不同标签进行数据区分,鉴别测序样品,因此测序图中可以看出是混合样本。
3、制备Pooling文库和上机 将合格的文库样本,按一定的比例混合在一起,制备成混合Pooling文库。