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文献阅读笔记:CUT&Tag

我们发现，CUT&RUN和CUT&Tag都比ChIP-seq或ATAC-seq有更多的reads，表明它们具有极低的信噪比(图3b)。

关于文献笔记的写法如下：准备一个专门的本子，用来做文献阅读笔记。记录文献的基本信息，如文献题目、文献作者、文献时间。文献的基本信息可以方便我们检索，查找原文。

反复阅读法：多次阅读同一篇文章，逐渐深入理解文章的内容和意义，发现文章中的细节和隐含信息，提高对文章的理解和掌握。笔记法：在阅读过程中，及时记录文章的主要内容、关键词、研究方法和结论，方便后续整理和使用。

文献的阅读原则的四个原则：目标导向。开始检索和阅读之前，我们一定要明确目标。建议把检索的目标提前写下来，在检索时反复强化提醒自己。这时候要杜绝好奇心的诱惑。去伪存真。

首先，要阅读英文文献，要清楚一个方面或一个主题，或一个概念的历史发展。有新旧文学，一些题材或专题文学的半衰期很长。古典文学的阅读是非常重要的。仅仅通过下载几篇新的文献是难以理解全面的。

ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing）是一种用于研究染色质开放区域（即易于转录因子和其他蛋白质结合的DNA区域）的技术。

ChIP-Seq原理是：首先通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP）特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，并对其进行纯化与文库构建；然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。ATAC-seq是全基因组范围内，找出所有的OCR。

ATAC-seq信息分析流程主要分为以下几个部分：数据质控、序列比对、峰检测、motif分析、峰注释、富集分析，下面将对各部分内容进行展开讲解。下机数据经过过滤去除接头含量过高或低质量的reads，得到clean reads用于后续分析。

使用DiffBind包提取ATAC-seq数据中的差异peaks主要包括以下几个步骤：准备输入数据：首先，需要准备ATAC-seq数据，这通常是peak调用软件（如MACS2）产生的peak文件。对于多个样本，你需要为每个样本准备一个peak文件。

核小体是由DNA与组蛋白形成的染色质基本结构单位，实际上通过移动开启或关闭可阅读的遗传信息，核小体随时处于动态变化，这种状态被称为“染色质的可及性”。

‘footprint’的意思就是DNA结合蛋白结合在DNA上的区域会受到保护不被Tn5转座。

作者采用了一种label-transfer的方法，整合RNA-seq和ATAC-seq数据对细胞进行聚类，并将每个single cell ATAC-seq中的细胞周围的single cell RNA-seq细胞的最常见的label赋予该细胞。

ATAC-seq技术是近年来较为热门的用于研究染色质开放性的表观遗传学技术，ATAC-seq技术利用经改造的超敏Tn5转座酶容易接近并切割开放染色质的特性，结合高通量测序技术即可获得染色质上开放区域的位置和DNA序列信息。

ATAC-seq全称Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing，即利用转座酶研究染色质可进入性的高通量测序技术。要理解这项技术的作用，首先需要认识染色体的结构。

1、新奥尔良在美国，北美大陆，位于西半球。新奥尔良（New Orleans），它是美国路易斯安那州南部的一座海港城市，同时也是路州最大的城市。行政上与奥尔良县同域。

2、新奥尔良位于美国的路易斯安那州。新奥尔良是美国路易斯安那州的一座城市，也是该州最大的城市。它位于密西西比河的河口，临近墨西哥湾。新奥尔良是美国一座历史悠久的城市，以其丰富的文化和音乐传统而著名。

3、新奥尔良，美国南部城市，濒临墨西哥湾，是路易斯安那州一个重要的港口城市。新奥尔良市是美国路易斯安那州最大的城市，也是美国仅次于纽约的第二大港城。新奥尔良一带原为印第安人的居住地。

4、新奥尔良是美国南部城市，濒临墨西哥湾，是美国路易斯安那州南部一个海港城市，也是路州最大的城市。地理位置：密西西比河下游入海处，坐标：北纬29°57′84″ 西经90°4′152″。

5、新奥尔良（New Orleans），美国路易斯安那州南部港口城市，濒临墨西哥湾，是路易斯安那州一个重要的港口城市。以爵士乐和法国殖民地文化闻名。全市面积近950平方公里，市区人口50万，大新奥尔良区人口118万。

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1、ChIP-Seq的原理是：首先通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP）特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，并对其进行纯化与文库构建；然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。

2、ChIP-seq的应用研究最早发表在2007年，感兴趣的DNA片段被直接测序而不是杂交。研究中比较关键的一点是技术的分辨率相比chip-chip得到了提高，以至于能够识别组蛋白变体比如H2A.Z。

3、最近，用于单细胞标记和ChIP-seq库制备的多种方法用于单细胞标记和ChIP-seq文库制备；这些方法使用微流体系统，Tn5转座酶标记，和ChIP-free的策略。

4、ChIL-seq 避免了传统ChIP-seq技术中由于抗体沉淀所带来的回收率低的缺陷，尤其适用于贴壁细胞。对于活跃的组蛋白标记如H3K4me3 ，H3K27ac，起始细胞用量甚至可降低至单细胞水平。